Vatikan menyambut Presiden RI pertama Soekarno pada Kamis pagi, 14 Mei 1959. Ia bersua dan berbincang dengan Paus Yohanes XXIII di ruang Clement VIII Pax V. Sebelumnya, Soekarno juga pernah berkunjung ke Vatikan menemui Paus Pius XII, pada 13 Juni 1956. Hubungan Paus Yohanes XXIII dengan Indonesia tak sampai di situ. Melalui Dekrit Quod Christus Adorandus, 3 Januari 1961, Paus Yohanes XXIII meresmikan pendirian Hirarki Episkopal Gereja Katolik di Indonesia. Peresmian Hirarki Episkopal ini merupakan pengakuan Takhta Suci terhadap Gereja Katolik Indonesia, karena telah mampu berdikari.
Sejak saat itu, 20 vikariat apostolik dan tujuh prefektur apostolik ditingkat menjadi keuskupan yang mempunyai wewenang penuh mengatur penggembalaan di wilayahnya, ke dalam enam provinsi gerejani; Keuskupan Agung Medan, Jakarta, Semarang, Pontianak, Makassar, dan Ende. Pada kemudian hari, dimekarkan menjadi Keuskupan Agung Merauke (1966), Kupang (1989), Palembang (2003), dan Samarinda (2004). Nama asli dari Paus Yohanes XXIII, Angelo Giuseppe Roncalli juga diabadikan sebagai nama rumah retret di Salatiga, Jawa Tengah. Rumah Retret Roncalli ini berdiri pada 1968. Rumah retret ini dirintis Br Carlo Hillenaar FIC dan Br Joachim van der Linden FIC. Selain itu, nama paus ini juga diabadikan oleh Seminari Tinggi Interdiosesan “Beato Giovanni XXIII” Malang, Jawa Timur. Sejak 15 Agustus 1988, seminari tinggi ini menjadi interdiosesan, artinya menjadi tanggungjawab beberapa keuskupan: Surabaya, Denpasar dan Malang. Selain tiga keuskupan ini, beberapa keuskupan juga mengirim para calon imamnya untuk dididik di seminari ini. (Y. Prayogo)